蛋白质结构可视化

Question

我被要求研究蛋白质结构可视化，比如RasMol，用户将打开一个pdb文件来获取蛋白质结构。

如何从pdb文件生成蛋白质结构？

我想用Python编写代码并在我使用OpenGL或VTK时可视化结构？还有其他模块可以帮助我吗？

Answer 1

您应该尝试具有python接口的pymol。

Here你有一个初学者教程，讲解如何编写pymol与视图交互的脚本

作为一名学生，你可以从pymols网站免费获得pymol。另外，Gohlke提供32位和64位窗口的安装程序以及python 2.6-2.7。

Answer 2

我认为Pymol不再免费，因为它必须从Schrödinger购买。 几个免费节目：   - JMol（糟糕!!除非你没有其他选择，否则不要使用它）   - PyMol（如果你是学术的）   - Yasara   - 探索工作室（Accelrys）   - RasMol（不再维护）   - VMD（可视化轨迹的最佳程序）。非常强大但我从未使用它。

我不知道你是否可以在所有这些内容中编写脚本。

我使用PyMol工作很多，我做了一些插件。唯一的限制是你可以将它用作观众，但没有别的。例如，您无法通过单击原子来获取信息。

祝你好运

Answer 3

Chimera http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/是另一位观众。我认为它的许可证比pymol更灵活。

你在写自己的？我认为这些答案大多指向实施的观众。祝你好运，我想这需要做很多工作。