使用R-INLA运行混合效果模型时的错误消息

Question

我正在使用R-INLA运行以下模型（Treatment，Animal.1和Animal.2是因子，Encounter.Length是连续的）：

formula <- Encounter.Length ~ Treatment +f(Animal.1, model = "iid", n = n.animal) + 
           f(Animal.2, copy = "Animal.1")

m.1 <- inla(formula, data = inla.dat)

但是，运行此代码后，我收到以下错误消息：

inla（公式，数据= inla.dat）中的错误： 在f（Animal.1）中：“协变量”必须与“值”匹配，并且两者都必须为“数字”或“因子” /“字符”。

我是使用INLA的新手，想知道此错误消息的含义以及解决方法。

Answer 1

答案（来自r-inla.help）：B的级别不是A的子集（用于定义B副本的模型）。因此，您必须在级别的并集上定义模型。

例如：

n <- 3 
A <- as.factor(letters[1:n]) 
B <- as.factor(letters[1+1:n]) 
y <- 1:n 

这不起作用

inla(y ~ -1 + f(A) + f(B, copy = "A"), data = data.frame(A, B)) 

但这是

values <- as.factor(unique(c(levels(A), levels(B)))) 
inla(y ~ -1 + f(A, values = values) + f(B, copy = "A"), 
data = list(A = A, B = B, values = values))