使用ggplot2绘制混合效果模型

Question

下面的代码绘制了混合效果模型的随机效果：

mtcarsSub <- mtcars[,c("wt", "drat", "cyl")]

library(lme4)
mtcarsME <- lmer(drat ~ (1|cyl) + wt, data=mtcarsSub)

mtcarsSub$fixed.effect <- predict(mtcarsME)

library(plyr)
l_ply(list(4, 6, 8), function(x) mtcarsSub[[ paste0("random.effect.cyl", x) ]] <<- mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),])

library(ggplot2)
ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) + 
  geom_point() +
  geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl4), size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl6), size=2) +
  geom_line(aes(wt, random.effect.cyl8), size=2)

如何以编程方式使每个随机效果线与cyl显示的颜色相同？因此，cyl的第4级的随机效果行应为红色，cyl的第6级应为绿色，cyl的第8级应为蓝色。我不想在color="red"中指定geom_line()等。

Answer 1

我建议为随机效果制作新的数据框。为此，我使用函数ldply()和您为每个级别计算随机效果的函数。此外，在此新数据框中添加了列wt和cyl。 wt将包含为每个级别重复的wt数据框中的所有mtcarsSub值。 cyl将包含值4,6和8。

mt.rand<-ldply(list(4,6,8), function(x) data.frame(
  wt=mtcarsSub$wt,
  cyl=x,
  rand=mtcarsSub$fixed.effect + ranef(mtcarsME)$cyl[as.character(x),]))

现在，绘图使用一个geom_line()调用中的新数据帧。由于新数据框也有cyl列，因此将为点分配颜色。

ggplot(mtcarsSub, aes(wt, drat, color=factor(cyl))) + 
  geom_point() +
  geom_line(aes(wt, fixed.effect), color="black", size=2)+
  geom_line(data=mt.rand,aes(wt,rand),size=2)