Question

以下是基础R包使用rpy2.robjects.packages.importr应该和确实发生的事情（例如stats）：

>>> from rpy2.robjects.packages import importr
>>> importr('stats')
<rpy2.robjects.packages.SignatureTranslatedPackage object at 0x7f3810>

但是使用外部包（例如ggplot2），结果如下：

>>> importr('ggplot2')
Warning message:
In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE,  :
  there is no package called 'ggplot2'
Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/7.0/lib/python2.7/site-packages/rpy2/robjects/packages.py", line 100, in importr
    env = _as_env(rinterface.StrSexpVector(['package:'+name, ]))
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in .Primitive("as.environment")("package:ggplot2") : 
  no item called "package:ggplot2" on the search list

一个复杂的问题是，在我的主目录中，我有文件.Renviron定义我的用户库位置（例如，ggplot2 libs所在的位置），我对任何一个R都没有问题使用library()和require()命令R或Rscript。路径看起来像这样：

R_LIBS_USER="/path/to/my/packages"

所以我的问题是为什么我的用户库路径被排除在“搜索列表”Rpy2之外？或者，我如何指导Rpy2查看R_LIBS_USER路径？

我认为这个问题源于Rpy2所使用的环境问题，但在这方面我的无知程度很高。

R: 2.13.0
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (Mac, 10.6, 64-bit)

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Rpy2: 2.1.8, 2.2.1 (dev)

我经常使用R，ggplot2和python，所以非常欢迎任何见解。

Answer 1

默认情况下，rpy2正在“vanilla”模式下初始化，这会忽略R_LIBS和朋友。

>>> import rpy2.rinterface 
>>> rpy2.rinterface.get_initoptions()
('rpy2', '--quiet', '--vanilla', '--no-save')
>>>

您可以使用'rinterface.set_initoptions（）'来更改它们。

例如：

import rpy2.rinterface as ri
ri.set_initoptions(('rpy2', '--verbose', '--no-save'))
ri.initr()

# from now on, just import the rest of rpy2 modules without thinking of the above.

RPY2：导入程序因.Renviron而失败

1 个答案: