使用importr

Question

我在R中使用名为mRMRe的特征选择算法，但我需要从Python调用它。我已经成功安装了包，并且可以从Python调用它。我需要访问R mRMRe包中的一些函数，如mRMR.data，以便将数据帧转换为算法所需的格式。

from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils') #-- Only once.
utils.install_packages('mRMRe')

# Now we begin by loading in the R packages
pymRMR = importr('mRMRe')

pymRMR
Out[53]: rpy2.robjects.packages.Package as a <module 'mRMRe'>

但是当我尝试调用它的函数mRMR.data时出现错误：

AttributeError: module 'mRMRe' has no attribute 'mRMR'

如果我尝试使用不同的库，情况也是如此：

datasets = importr('datasets')
datasets.data.fetch('mtcars')
Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-56-b036c6da58e1>", line 2, in <module>
    datasets.data.fetch('mtcars')

AttributeError: module 'datasets' has no attribute 'data'

我从enter link description here

获得了这个数据集部分

我不确定我做错了什么。我之前用mrfDepth导入了R的medcouple函数，如下所示：

import rpy2.robjects as ro
#now import the importr() method
from rpy2.robjects.packages import importr
utils = importr('utils') #-- Only once.
utils.install_packages('mrfDepth')
# Now we begin by loading in the R packages
mrfdepth = importr('mrfDepth')
mc = mrfdepth.medcouple(yr)[0]
return mc

有人可以帮我解决这个问题吗？

Answer 1

您只导入基本模块，需要完全导入它。你会认为Python会自动执行此操作，显然它不会。请参阅this SO answer。

from mRMRr import *
from datasets import *

编辑：啊，是的，这适用于显式的python模块。我认为调用子包函数的语法可能不同。试试这个。

import rpy2.robjects.packages as packages
datasets = packages.importr('datasets')
mtcars = packages.data(datasets).fetch('mtcars')['mtcars']

Answer 2

我曾经导入一些R包，然后在我的python代码中使用它们，但是最近我改进了一种方法，您可以简单地使用R代码并为其提供所需的任务。在这里https://stackoverflow.com/a/55900840/5350311看看，这对您的情况很有用。