Snakemake在规则中使用相同的输入和输出

Question

是否可以在规则中使用相同的输入和输出？

例如，

rule example:
    input:
        "/path/to/my/data"
    output:
        "/path/to/my/data"
    shell:
        "my_command {input}"

我要从以前的规则中提取数据，并尝试移动其某些输出，并将文件合并在一起。

感谢您的帮助！

Answer 1

简而言之，不。 Snakemake会构建DAG（有向无环图），然后为目标所需的每个节点建立依赖关系。在您的情况下，您正在引入一个循环。

无论如何，从您的描述来看，我看不出出现此周期的任何原因：

我正在从以前的规则中提取数据，并试图移动一些 其输出，并将文件合并在一起。

这可以通过“正常”方式完成。