Question

我正在尝试创建一个管道，其中一小段规则在使用输出的早期规则输出的动态数量的文件上运行。但是，我收到以下错误：“输入文件中的通配符无法从输出文件中确定：”。

这告诉我，我正在尝试做的事情目前尚未得到支持。这是我想要做的一个伪示例：

rule a:
    input: "my static file.txt"
    output: dynamic('my/path/{id}.txt')

rule b:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')
    output: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

rule c:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')
    output: 'gather.txt'

使用

运行snakemake

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.txt')

没有任何问题，但是当我运行snakemake时：

rule all:
    input: dynamic('my/path/{id}.reprocessed.txt')

我收到错误：“输入文件中的通配符无法从输出文件中确定：”

是否支持此功能？有没有人成功建立过这样的连锁店？我需要考虑哪些因素？

谢谢！

Answer 1

通过从规则b中删除动态语句来解决此问题。

snakemake中的链动态输入/输出规则

1 个答案: