Snakemake会跳过具有相同输入的多个规则

Question

假设我有3条具有相同输入的规则，snakemake会跳过其中2条，只运行其中一条规则。因为我需要全部三个规则，是否有解决方法可以强制全部三个规则执行？我可以将一些其他文件作为输入添加到现有输入中，但是我觉得这有点被骗，并且可能会使其他人在查看我的代码时感到困惑，因为我声明了一个根本不使用的输入。

Answer 1

似乎target files未定义。默认情况下，snakemake执行蛇文件中的第一条规则。

示例：

rule all
   input: "a.txt", "b.png"

rule x:
   output "a.txt"
   shell: "touch {output}"

rule y:
   output "b.png"
   shell: "touch {output}"

习惯上命名具有所有所需输出文件的第一个规则all。