Snakemake：并行提交作业时，规则中共享文件的随机FileNotFoundError

Question

我有以下规则：

rule run_example:
    input:
        counts=config['output_dir'] + "/Counts/skin.txt"
    params:
        chrom=lambda wildcards: gene_chrom()[wildcards.SigGene]
    output:
        config['out_refbias'] + "/{SigGene}.txt"
    script:
        "Scripts/run_example.R"      
 
with SigGene=["gene1", "gene2"]

I define the following function:

def gene_chrom(File=config['output_dir'] + "/genes2test.txt", sep=" "):
    """ Makes a dictionary with keys gene and values chromosome from a file with first col gene_id and second col CHROM """
    data=pd.read_csv(File, sep=sep)
    keys=list(data['gene_id'])
    values=[str(x) for x in data['CHROM']]
    dic=dict(zip(keys,values))
    return dic

我将规则提交给集群以并行运行作业。对于一些工作，我会收到以下错误消息：

Snakefile的第67行中的

FileNotFoundError： [2020年6月23日星期二09:47:16] [错误2]文件b'/ scratch / genes2test.txt'不存在：b'/ scratch / genes2test.txt'

该文件存在，并且在规则的所有实例之间共享。大多数作业都能够读取文件并运行完成，但是有些作业因上述错误消息而失败。