Question

在安装任何新软件包时，出现错误，提示未找到Rtools。我按照Rtools的手动安装说明进行操作，但仍然收到相同的错误消息。

> install.packages("phyloseq")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding

似乎R找不到Rtools。反正有解决办法吗？

我注意到在开始新的R会话时，先前安装的软件包的第二个问题也消失了。这两个问题可以联系在一起吗？

我的R版本是4.0，并且我正在Windows 64位上工作

Answer 1

安装完成后，您需要执行另一个步骤才能编译R软件包：您需要将Rtools make实用程序（bash，make等）的位置放在PATH上。最简单的方法是在Documents文件夹中创建一个文本文件.Renviron，其中包含以下行：

writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")

现在重新启动R，并确认可以找到make，它应该显示Rtools安装的路径。

Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"

https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/

找不到软件包的第二部分与升级R版本有关，例如3.5至3.6或3.6至4.0。如果您转到Documents\R\win-library，将有一个版本文件夹，其中安装了库。这是一个将安装旧库的脚本。

lib_loc <- "C:/Users/apdev/Documents/R/win-library/3.3"
to_install <- unname(installed.packages(lib.loc = lib_loc)[, "Package"])
to_install
install.packages(pkgs = to_install)

https://community.rstudio.com/t/reinstalling-packages-on-new-version-of-r/7670/4

从CRAN安装软件包时R未找到Rtools

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