在群集上运行R脚本时出错

时间:2020-06-19 10:53:47

标签: r cluster-computing

我正在集群上使用DECLARE @T VARCHAR(1000) SET @T = 'Successfully imported 6609 records and updated 0 records for a total of 6609 records into the table' SELECT REVERSE ( SUBSTRING ( REVERSE(@T), PATINDEX('%[0-9]%', REVERSE(@T)), (CHARINDEX(' ',REVERSE(@T),PATINDEX('%[0-9]%', REVERSE(@T))))-(PATINDEX('%[0-9]%', REVERSE(@T))) ) ) foreach()运行R脚本。在不更改代码的情况下,每次返回3个不同的错误时,都会中断程序的执行:

    1。
%dopar%
  1.      Error in unserialize(socklist[[n]]) : error reading from connection
            Calls: %dopar% ... recvOneData -> recvOneData.SOCKcluster -> unserialize
            Execution halted
    
  2. 3。
    Error in { : 
      task 1 failed - "unable to load shared object '/cluster/apps/r/3.5.1_openblas/x86_64/lib64/R/library/units/libs/units.so':
      libudunits2.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory"
    Calls: %dopar% -> <Anonymous>
    Execution halted

在最后一个场景中,我尝试增加提交命令 TERM_MEMLIMIT: job killed after reaching LSF memory usage limit. Exited with exit code 1 中的节点数或已使用的内存,但是仍然返回相同的错误或前两个错误之一。我正在使用R版本3.5.1。

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