R:在群集上运行R时出现内存限制错误

时间:2019-11-29 07:50:03

标签: r

我的R出现内存问题。 我正在对我的机构中通过集群安装在家里的anaconda安装的R进行大型而复杂的分析。我创建了环境,以便可以毫无问题地安装软件包。运行时发生以下错误:

   Error: cannot allocate vector of size 26.7 Gb

我通过键入memory.limit()检查了内存限制,但它似乎是Inf。

这是我的sessionInfo()的输出

 R version 3.6.1 (2019-07-05)
 Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
 Running under: CentOS Linux 7 (Core)

 Matrix products: default
 BLAS/LAPACK: /home/user/miniconda3/envs/py37/lib/libopenblasp-r0.3.7.so

 locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

 attached base packages:
 [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

 loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.6.1 tools_3.6.1   

在运行负责该问题的工具时,我对具有24个内核的单个节点执行了ssh,以允许管道运行。 谁能帮我解决这个问题?预先谢谢你!

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