Question

我正在尝试在旧群集上运行代码，我没有root权限。因此，在头节点上我自己的文件夹中，我安装了较新版本的gcc和OpenMPI的本地副本，使用它我正在编译我的代码。作为试验，我决定编写一个“hello world”程序并在集群上运行它。当我将此代码编译为

时

mpic++ --std=c++11 -L/home/sidk/libraries/gcc/lib64 -o mpitrial mpitrial.cpp

其中mpitrial.cpp是

int main(int argc, char *argv[])
{
    int rank=0,size=0;
    MPI_Init(&argc,&argv);  
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&size);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);
    cout<<"Hello from "<<rank<<" of "<<size<<endl;
    MPI_Finalize();
}

然后我通过PBS扭矩作业调度程序将这些过程提交给集群。但是，每个进程（可能在群集中的任何节点上）运行时，都会向我发送错误说：

/lib64/libstdc++.so.6: version `CXXABI_1.3.8' not found (required by /shared/users/sidk/mpitrial)

似乎说每个进程都链接到较旧的C ++库（因为较新的库位于文件夹/ home / sidk / libraries / gcc / lib64中，而不是上面显示的路径）。在头节点上，我更新了LD_LIBRARY_PATH以指向较新的C ++库的位置。

有人可以提供有关如何解决此问题的建议吗？

非常感谢你的帮助，

亚洲时报Siddharth

Answer 1

在二进制文件上使用ldd来验证是否正在从此非默认路径加载libstdc++。

假设LD_LIBRARY_PATH在执行ldd时设置正确，则只有两种可能性。

1）尽管LD_LIBRARY_PATH设置正确，但ldd显示仍然从lib64加载libstdc++。

最可能的原因是在可执行文件上设置了DT_RPATH，指向/lib64，它覆盖了LD_LIBRARY_PATH。

作为explained here，DT_RPATH优先于LD_LIBRARY_PATH。更新您的Makefile或您正在使用的任何构建工具，以停止使用DT_RPATH标记生成可执行文件。

2）ldd，LD_LIBRARY_PATH，从非标准位置加载libstdc++.so而不会出现问题。在这种情况下，运行可执行文件的任何问题显然都是一个环境问题。尽管你不相信，但LD_LIBRARY_PATH在运行时没有正确设置。

Answer 2

我能够让它发挥作用。我发现这个错误正在发生，因为集群的设置方式 - 主文件夹存在歧义，每个集群都有一个与头节点的主文件夹同名的主文件夹。因此，计算节点无法访问较新的库（位于头节点的主文件夹中），而是链接到自己的/ lib64。我将所需的库放在所有节点都可访问的公共暂存空间中，并在提交脚本中将LD_LIBRARY_PATH设置为此位置，现在可以正常工作。

CXX ABI在群集上运行时出错

2 个答案: