我一直在尝试对qiime2创建并通过read.table()
上传到R的asv_table,asv_id和元数据进行16S分析。我已经能够成功导入asv_id和元数据(分别使用tax_table()
和sample_data()
),但是我在为自己的asv_table挣扎。
我的asv_table的结构是一个数据框,其中包含我的分类单元的标头,而我的行是示例(我也尝试过使用转置数据进行此操作,其中我的分类单元是行,而我的示例是列)。我最初的尝试很简单:
ps <- phyloseq(otu_table(asv_table, taxa_are_rows = FALSE))
然而这产生了:
Error in validObject(.Object) : invalid class “otu_table” object:
Non-numeric matrix provided as OTU table.
Abundance is expected to be numeric.
这导致我尝试将数据的类别更改为数字,然后尝试再次导入:
asv_table_num <- data.matrix(asv_table, rownames.force = NA)
ps <- phyloseq(otu_table(otumat_num, taxa_are_rows = FALSE))
Error in validObject(.Object) : invalid class “phyloseq” object:
Component taxa/OTU names do not match.
Taxa indices are critical to analysis.
Try taxa_names()
我担心这会越来越麻烦,因为一个更简单的解决方案使我瞪大了脸(我很难在互联网上研究我的问题……通常表明我没有人创造一个独特的问题否则遇到)。
我将对该主题提供任何指导或帮助!
谢谢。
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我最终能够弄清楚我的问题,所以我将向所有可能遇到相同问题的人发布我的解决方案。
library(tidyverse)
devtools::install_github("jbisanz/qiime2R")
library(qiime2R)
asv_table <- read_qza("table.qza")
library(phyloseq)
ps <- qza_to_phyloseq(features = "table.qza")