如何编辑映射文件并与现有的phyloseq对象合并？

Question

我正在phyloseq中工作，一旦创建了phyloseq对象，就无法编辑地图数据。我认为问题在于我如何尝试将编辑后的数据与对象合并，但我无法查明确切的问题。

所有最初设置phyloseq对象的东西都很好，看起来像这样：

#Sequence chimera checked from dada2
seqtab <- readRDS("seqtab.rds")

#Taxonomic assignments
taxa <- read.csv("taxonomy.csv",sep=",",row.names=1)
taxa <- as.matrix(taxa)

#Mapping file
mapfile <- "map.txt"
map <- import_qiime_sample_data(mapfile)
head(map)

#Creating phyloseq object.
ps <- phyloseq(otu_table(seqtab, taxa_are_rows=FALSE), 
           sample_data(map), 
           tax_table(taxa))

但是，一旦设置好，我希望能够对映射数据进行编辑，最好使用dplyr，然后将其与phyloseq对象合并回去。这就是我一直在尝试的方法：

#Edit columns in dplyr
split <- data.frame(sample_data(ps))
split <- split %>%
  separate(Date, c("Day", "Month", "Year"), sep = "-")

#Merge sample dataframes
sam <- data.frame(sample_data(ps))
split <- merge(split, sam, by = "SampleID") 

当我这样做并仅查看示例数据时，列已正确拆分。但是，当我查看phyloseq对象时，这些列尚未正确拆分。有人对我要去哪里有建议吗？