Question

我已经为此工作了一个多星期了，现在还没有工作。我正在使用包裹＆＃39; RAM＆＃39;＆＃39;在r中，更具体地说是OTU.diversity函数：

*总结OTU表的多样性指数

描述

这些函数计算所有样本的多样性索引，并将输出作为新列附加到元数据表。

用法

OTU.diversity（数据，元）参数数据OTU表的列表。 meta元数据以附加输出。

详情

该函数总结了以下多样性指数：specnumber，shannon，simpson，invsimpson，true diversity，evenness，chao和ACE index，给定的otu表。

价值

此函数返回每个样本的多样性索引向量，这些向量附加到给定的元数据表。*

我的命令行是：

tabletemp <- read.table(paste(pathDataAn, "ITS.table.tsv", sep = ""),
                  sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                  as.is = TRUE, check.names = FALSE, colClasses=c("row.names"="character", "taxonomy"="character"))
tabletemp$row.names <- NULL
metatemp <-  read.table(paste(pathDataAn, "ITS.meta.tsv", sep = ""),
                  sep = "\t", header = TRUE, dec = ".", comment.char = "", quote = "", stringsAsFactors = TRUE,
                  as.is = TRUE)
temp2 <- OTU.diversity(list(data=tabletemp), metatemp)

输出说：

.valid.meta（otu，meta = meta）出错： otu1和meta的样本名称不同。它们可能不正常。在otu1中，不在meta中： EM13S01RV EM13S02RV EM13S03FW EM13S03RV ......（我所有样品清单）在meta中，而不是在otu1：

1,2,3，......

我已经验证每个标题是相同的，并且顺序完全相同。他们都正确安排。请帮助我，我不明白为什么它似乎没有正确阅读这些表。

Answer 1

周末我发现我需要告诉软件列标题（OTU表）与行名称匹配（元数据表）

rownames（metatemp）＆lt; - colnames（tabletemp）[ - ncol（tabletemp）]

根据R，OTU表与元数据表（标题）不匹配

1 个答案: