Question

我正在尝试创建一个函数，以使用PHYLOSEQ获得任何给定的taxrank的相对丰度的表，例如：

Relative_Table <- function (PhyloObj, TRank) {
    GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank="TRank")
    Percent <- transform_sample_counts(GROUP, function(x)100* x / sum(x))
    OTUglom <- otu_table(Percent)
    TAXglom <- tax_table(Percent)[,"TRank"]
    GroupTable <- merge(TAXglom, OTUglom, by=0, all=TRUE)
    GroupTable$Row.names = NULL
    return(GroupTable)
}

所以当我像这样使用它时：表格<-Relative_Table（PHYLO_Obj，Phylum）它给我一个错误：

tax_glom（PhyloObj，taxrank =“ TaxonRank”）中的错误：不好的taxrank论点。必须在rank_names（physeq）的值之中

尽管如此，当我在函数内部使用taxtax时，它仍然可以正常工作：

Relative_Table <- function (PhyloObj) {
    GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank="Phylum")
    Percent <- transform_sample_counts(GROUP, function(x)100* x / sum(x))
    OTUglom <- otu_table(Percent)
    TAXglom <- tax_table(Percent)[,"Phylum"]
    GroupTable <- merge(TAXglom, OTUglom, by=0, all=TRUE)
    GroupTable$Row.names = NULL
    return(GroupTable)
}

第一个选项有什么问题??，我只想在函数中使用任何给定的taxrank（Phylum，Class ....... Genus）并生成一个表！！！！

谢谢

Answer 1

没有可重复的示例很难说，但是我强烈怀疑问题是您将TRank当作字符串而不是符号名。换句话说，请尝试在这两行中的"TRank"周围加上引号：

GROUP <- tax_glom(PhyloObj, taxrank=TRank)

和

TAXglom <- tax_table(Percent)[,TRank]

您引用的错误听起来像是您在实际函数中使用TaxonRank作为自变量名称，而您向我们展示的错误却使用了TRank（这可能无关紧要，但这是对读者有些困惑）

函数中使用的R phyloseq tax_glom给出错误

1 个答案: