Question

我想创建一个h5文件，为此，在我的情况下，不同的过程必须单独读取文件，并将一些值附加到通用数据集的列中。

我当时想通过python使用mpio和h5py来实现，而解释器是一个conda环境。但是，当我尝试启动一个像这样的简单程序时：（如doc-site中所示：http://docs.h5py.org/en/stable/mpi.html）

from mpi4py import MPI
import h5py

rank = MPI.COMM_WORLD.rank  # The process ID (integer 0-3 for 4-process run)

f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)

dset = f.create_dataset('test', (4,), dtype='i')
dset[rank] = rank

f.close()

我总是遇到此错误：

AttributeError：“ h5py.h5p.PropFAID”对象没有属性“ set_fapl_mpio”

在Anaconda环境中，我安装了：

conda install h5py
conda install mpio

我想知道的是，是否可以在Windows上进行这种配置，或者如何解决此错误。

Answer 1

我一直在寻找一种干净的方法来使用conda安装具有MPI支持的h5py，以下方法对我有用：

conda install -c conda-forge "h5py>=2.9=mpi*"

我在GitHub讨论中找到了它：https://github.com/conda-forge/h5py-feedstock/issues/44

但是，我无法在Windows上对其进行专门的测试。

在Windows上使用Anaconda使用mpio配置H5py

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