未知的驱动程序类型“mpio”

Question

如果有人能指导我解决/理解以下错误消息，我将不胜感激：

f = h5py.File(filename, 'w', driver='mpio', comm=comm)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 149, in __init__
fapl = make_fapl(driver,libver,**kwds)
File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/h5py/_hl/files.py", line 37, in make_fapl
raise ValueError('Unknown driver type "%s"' % driver)
ValueError: Unknown driver type "mpio"

我使用ubuntu软件中心安装了h5py。 （我运行h5cc -showconfig并注意到并行HDF5已启用。）

我在带有核心2 duo的macbook air上运行，只有一个核心启用了ubuntu 13.04的虚拟桌面。

Answer 1

Ubuntu附带的h5py版本不针对并行HDF5构建。这就是你不能使用MPI驱动程序的原因。你需要手工构建h5py。最方便的方法是使用virtualenv环境，以便并行h5py版本不会干扰Ubuntu安装的版本。您所要做的就是：

1. 从h5py.org
解压缩h5py源代码
2. 确保您处于virtualenv（如果您更喜欢全局安装h5py，请不要这样做。但是您最好在Ubuntu中卸载h5py）
3. $ export CC = mpicc
4. $ python setup.py build --mpi
5. $ python setup.py install

就是这样。有关详细信息，请参阅http://docs.h5py.org/en/latest/mpi.html。