Question

我用 glmnet 拟合了一个Cox模型，例如：

fitL <- glmnet(
  X,
  Y,
  family = "cox",
  alpha = 1,
  lambda = cvL$lambda.min, #cvL obteined with cv.glmnet
  standardize = FALSE,
  thresh = thresh
)

我获得了：

str(coef(fitL) != 0)
Formal class 'lgCMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:24] 0 76 81 96 125 149 213 266 277 415 ...
  ..@ p       : int [1:2] 0 24
  ..@ Dim     : int [1:2] 1000 1
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:1000] "001" "002" "003" "004" ...
  .. ..$ : chr "s0"
  ..@ x       : logi [1:24] TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE ...
  ..@ factors : list()

我想提取非零系数（即选定的变量），我使用“ which”，但是出现了这个错误：

> which (coef (fitL)! = 0)

base ::中的错误：其中（x，arr.ind，useNames， ...）：“哪”自变量必须为逻辑类型

我还使用了here建议的extract.coef软件包的coefplot函数。我遇到了这个错误：

> library (coefplot)
> coefplot :: extract.coef (fitL)

UseMethod中的错误（通用=“ extract.coef”，object =模型）：否适用于“ c”类对象的“ extract.coef”方法（“ coxnet”，“ glmnet”）”

Answer 1

使用predict代替参数type="nonzero"。

Answer 2

对象(coef(fitL) != 0)具有类lgCMatrix。尝试使用as.vector

使用“哪个”提取非零的glmnet系数时出错

2 个答案: