Question

我正在尝试将snakemake与docker映像一起使用，但是在docker卷上遇到麻烦。不幸的是，没有关于如何使用'singularity-args'做到这一点的详细信息。

我的snakemake文件是：

rule all:
    input:
        'a/file3.txt'

rule step1:
    output:
        touch('a/file1.txt')

rule step2:
    input:
        rules.step1.output[0]
    output:
        'a/file2.txt'
    params:
        text = 'this is a test',
        path = '/data/file2.txt'
    singularity:
        "docker://XXX/test"
    shell:
        "python test.py {params.text} {params.path}"

rule step3:
    input:
        rules.step2.output[0]
    output:
        touch('a/file3.txt')

泊坞窗映像基本上是一个python文件，该文件将字符串写入文件（出于测试目的）。我正在尝试将主目录挂载到docker / data目录。使用docker，我能够使用'-v'挂载卷。

使用snakemake进行此操作的正确方法是什么？

我尝试了以下命令（在MacOS和Ubuntu 18.04上），但都失败了。

snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a:/data”
snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a”

错误消息是：

No rule to produce /home/XXX/snakemake/a:/data” (if you use input functions make sure that they don't raise unexpected exceptions).

我错过了一步吗？

谢谢！

Answer 1

只是简单的检查...在命令行中，您使用双引号（“）而不是使用直引号（"），例如：

snakemake -s pipeline.py --use-singularity --singularity-args “-B /home/XXX/snakemake/a”

也许您正在从使用倾斜引号的文本编辑器复制和粘贴？我会使用直引号，因为其他类型可能会以错误的方式解释。

Answer 2

我能够使用以下命令在Ubuntu 18.04上运行它：

SINGULARITY_BINDPATH=“/home/XXX/snakemake/a:/data”; snakemake -s pipeline.py --latency-wait 10 --use-singularity

很遗憾，我无法使标志“ --singularity-args”正常工作。不管使用“ --bind”还是“ -B”，我都会收到错误消息“无规则生成/ Users / XXX / Devel / snakemake / a：/ data”。

我正在Python3虚拟环境中使用Snakemake 5.6.0。另外，从侧面说，我认为MacOS奇异二进制不起作用。它与Snakemake有关。

此变通办法目前已经足够。

更新

尽管此解决方案有效，但实际解决方案（typo）由@dariober提供。

Snakemake + Docker卷-“缺少规则异常”

2 个答案: