如何使用snakefile解决错误“缺少规则异常”?

时间:2019-11-14 09:26:44

标签: exception rules

我的snakefile出现错误消息: “ MissingRuleException: 没有产生RawData / Snakefile的规则(如果使用输入函数,请确保它们不会引发意外的异常)。“

我已经尝试过了: snakemake RawData / Snakefile --use-conda

这些文件中的

: config.yaml

samples :
  - bulk-art_CCAAGTCT-TCATCCTT-AHFGGMBBXY_L001_R1.fastq.gz
  - bulk-art_CCAAGTCT-TCATCCTT-AHFGGMBBXY_L001_R2.fastq.gz

arbitrary_parameter: 1.0

和Snakefile

configfile: "config.yaml"

rule all:
    input:
        "multiqc_report.html"

rule fastqc:
    input:
        "data/{sample}.fastq.gz"
    output:
        html="fastqc/{sample}.html",
        zip="fastqc/{sample}.zip"
    wrapper:
        "0.31.1/bio/fastqc"

rule multiqc:
    input:
        expand("fastqc/{sample}.html", sample=config["samples"])
    output:
        "multiqc_report.html"
    wrapper:
        "0.31.1/bio/multiqc"

我尝试将这些行添加到Snakefile(https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/_modules/snakemake/exceptions.html)中,但仍然给我第242行错误(/work/ccouture/projet_bulks/Project_MildiouSAVE.1310/第242行中的“ SyntaxError” Run_MildiouSAVE_POOL.15857 / RawData / Snakefile: 规则关键字后的预期名称或冒号。 (Snakefile,第242行)”)

你能帮我吗? 这是我第一次尝试SNAKEMAKE!

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