Question

让我们有一个简单的蛇文件，例如

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

我想对绘图规则进行概括，以便可以在类似这样的东西的Docker容器中运行

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

如果我理解得很好，当我运行snakemake --use-singularity时，我会得到somecommand在docker容器内运行，在没有容器的某些卷配置的情况下找不到输入的csv文件。

能否请您提供一个小的工作示例，说明如何在Snakefile或其他Snakemake文件中配置卷？

Answer 1

当您运行snakemake并告诉它使用奇异性图像时，请执行以下操作：

snakemake --use-singularity

您还可以将其他参数传递给奇异性，包括绑定点，如下所示：

snakemake --use-singularity -B /path/outside/container/:/path/inside/container/

现在，如果您的csv文件位于/path/outside/container/中，则可以通过某些命令毫无问题地看到它。

请记住，如果您的内部和外部路径不相同，则需要在蛇形规则中的不同部分中同时使用这两个路径。这是我的方法：

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    params:
        i = "inside/container/input/{dataset}.csv",
        o = "inside/container/output/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {params.i} {params.o}"

运行此蛇文件时，将raw/绑定到inside/container/input/，然后将plots/绑定到inside/container/output/。 Snakemake会在本地计算机上查找输入/输出文件，但会向容器提供命令以使用内部容器路径运行，并且一切都会很棒。

TL; DR：输入和输出中的本地路径，params和shell中的容器路径。在命令行调用中绑定本地和容器路径。

Snakemake + docker示例，如何使用卷

1 个答案: