Question

我要在MySQL中存储m x n个基因表达数据矩阵，以便可以使用PHP编程进行搜索。

m约为100000个样本（可唯一识别）
n是大约23,300个基因（可唯一识别）

我创建了三个表，如下所示

CREATE TABLE genes (
    `gene_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `gene_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE samples (
    `sample_id` INT NOT NULL AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,
    `sample_name` varchar(99) not null
) ENGINE=InnoDB;

CREATE TABLE gene_sample (
    `gene_id` INT NOT NULL,
    `sample_id` INT NOT NULL,
    `Expression_value` INT ,
    FOREIGN KEY(`gene_id`) REFERENCES genes (`gene_id`),
    FOREIGN KEY(`sample_id`) REFERENCES sample (`sample_id`),
) ENGINE=InnoDB;

问题是我如何从mXn矩阵的第三个表（gene_sample）中插入值？

我如何将与样品和基因相对应的表达值存储在gene_sample表中？

Answer 1

假设已经填充了genes和samples表，并且您想使用所有可能的组合来填充gene_sample联结表，则可以尝试使用带有交叉联接的插入：

INSERT INTO gene_sample (gene_id, sample_id)
SELECT g.gene_id, s.sample_id
FROM genes g
CROSS JOIN samples s;

当然，这不会为Expression_value列分配任何值。但理想情况下，此列甚至都不属于联结表。

在MySQL中存储基因表达数据

1 个答案: