Question

当我尝试执行install.packages("seqminer")时，出现以下错误：

configure: CC = gcc -std=gnu99
configure: CFLAGS = -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
configure: CXX = ERROR: no information for variable 'CXX1X' ERROR: no information for variable 'CXX1XSTD'
configure: CXXFLAGS = ERROR: no information for variable 'CXX1XFLAGS'
checking whether the C++ compiler works... no
configure: error: in `/tmp/Rtmp2qP3iH/R.INSTALL6ffb49156e3b/seqminer':
configure: error: C++ compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘seqminer’

我尝试了所有可以在线找到的解决方案，但不降低我的gpp等级，因为我需要使用此版本。到目前为止，我已经像这样编辑/etc/R/Makeconf：

CC = gcc -std=gnu99
CFLAGS = -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CPICFLAGS = -fpic
CPPFLAGS = 
CXX = c++
CXXCPP = $(CXX) -E
CXXFLAGS = -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g $(LTO)
CXXPICFLAGS = -fpic
CXX11 = g++
CXX11FLAGS = -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
CXX11PICFLAGS = -fpic
CXX11STD = -std=gnu++0x

总而言之，我将所有CXX1X事件都更改为CXX11，并将所有c++11事件都更改为gnu++0x。我也尝试将其更改为gnu++11，c++0x和c++11。它们都不起作用。我现在遇到的错误几乎相同：

configure: CC = gcc -std=gnu99
configure: CFLAGS = -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g
configure: CXX = ERROR: no information for variable 'CXX11' ERROR: no information for variable 'CXX11STD'
configure: CXXFLAGS = ERROR: no information for variable 'CXX11FLAGS'
checking whether the C++ compiler works... no
configure: error: in `/tmp/Rtmp2qP3iH/R.INSTALL6ffb49156e3b/seqminer':
configure: error: C++ compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘seqminer’

我的版本：我在这台机器上使用Ubuntu 16.04。我的R版本是：3.2.3。 gcc / g ++ / c ++版本为：（Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1〜16.04.11）5.4.0 20160609

我找不到config.log。

当我尝试对VARS R CMD config $VAR进行以下设置CXX11 CXX11FLAGS CXX11FLAGS CXX11PICFLAGS and CXX11STD时，出现以下错误： ERROR: no information for variable 'CXX11STD'等

我没有要覆盖的本地Makeconf。例如~/.R/Makeconf不存在。

我尝试设置环境变量，并让它们检查它们是否存在：

Sys.setenv("CXX11STD"="-std=g++11")
Sys.getenv("CXX11STD")

可以正常工作。但是然后我尝试再次安装软件包，它仍然给我同样的错误。

Answer 1

克隆其仓库并按如下所示更新其配置文件。

git clone https://github.com/zhanxw/seqminer.git /tmp/seqminer
cd /tmp/seqminer
vim configure

在配置文件中注释掉这些行，因为这些变量的设置不正确。

CC=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CC`
CFLAGS=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CFLAGS`
CXX11=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CXX11`
CXX11STD=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CXX11STD`
CXX11FLAGS=`"${R_HOME}/bin/R" CMD config CXX11FLAGS`
CXX="${CXX11} ${CXX11STD}"

在R会话中从本地源安装软件包。

install.packages("/tmp/seqminer", repos=NULL, type="source")

如何修复R“错误：没有有关变量'CXX11'，'CXX11STD'和'CXX11FLAGS'的信息”

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