将类别标签添加到树状图

时间:2019-08-06 10:55:00

标签: r

我正在尝试对包含72行和1869列的一组基因数据进行聚类分析。数据的最后一列包含类别标签,用于标识每个观察结果属于两种亚型的白血病。

我希望能够对1:1868列执行聚类分析,然后使用1869列中的类标签沿树状图的x轴显示。

我一辈子都想不出如何对指定的列执行聚类分析,同时为类标签添加最后一列。

下面是示例的一小部分数据:

     v1  v2  v3  v4  v5 classLabels
     10  10 283 247 146           2
     38 242  10 179  34           2
     10  33 206  10  19           1
     10  10 112  10  10           2
     49 141  52 878  10           1
     24  10 100 307  48           2
    265 158  49  31 363           1
     10  10  70 252 155           1
    215  67  87 193 325           1
     10  10 249 561 275           2

最终结果将是包含值的列的树状图,并且classLabels数据显示在树状图的x轴上。

在此问题之前,我一直在使用的代码用于聚类分析:

    SLA <- hclust(tissue_data, method = "single")

    plot(SLA, main = "Single Linkage of Gene Data", xlab = "", sub = "", hang = -1, labels = FALSE)

在上面的代码中,标签设置为false,而tissue_data数据框包含1:1868列,其中包含类标签的列已被删除并留在另一个数据框中。

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