根据变量分类更改树状图标签

时间:2019-07-24 13:52:25

标签: r dendrogram

我在R中使用dendextendcirclize软件包构建了树状图。目前,我已经能够更改分支的颜色,但是我想按特定的分类为每个标签着色。 也就是说,一方面,我将拥有树状图,另一方面,将具有另一个数据框架,如下所示:

ID1    1
ID2    1
ID3    2
ID4    3
ID5    3 

最后,我希望ID1和ID2的颜色标签为红色,ID3为绿色,ID4和ID5为蓝色(或任意颜色)。我无法弄清楚这一点,因为我的树状图输入文件是Newick格式,所以我无法想象如何将这种分类放入树状图...

到目前为止,我一直在使用的代码是:

dend <- read.dendrogram("mytree.txt") %>%
  set("labels_cex", 0.1) %>%
  set("branches_k_color", 
      value = c("red", "blue", "green"), k = 3)
circlize_dendrogram(dend)

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