在我的Snakemake项目中,我有一个config.yaml文件,该文件允许用户运行管道的某些步骤,例如:
DEG :
exec : True
因此,在Snakefile中,我包括与DEG相关的规则:
if config["DEG"]["exec"]:
include: "rules/classic_mapping.smk"
include: "rules/counts.smk"
include: "rules/run_DESeq2.smk"
问题是,现在我想在“ all”规则中动态指定输出文件,以便Snakemake根据用户输入的参数知道要生成哪些文件。例如,我想到要进行以下操作:
rule all:
input:
if config["DEG"]["exec"]:
"DEG/DEG.txt"
if config["DTU"]["exec"]:
"DTU/DTU.txt"
但是它不起作用: 如果在规则定义中(Snakefile,第58行),则Unexpected关键字的第58行出现SyntaxError。
我需要一个外部的观点来寻找替代方案,因为Snakemake不应该以这种方式工作
先谢谢了
答案 0 :(得分:2)
您可以使用snakemake的功能将函数作为输入并将if循环放入函数中。一个示例实现可以如下
def get_input(wildcards):
input_list = []
if config["DEG"]["exec"]:
input_list.append("DEG/DEG.txt")
if config["DTU"]["exec"]:
input_list.append("DTU/DTU.txt")
return input_list
rule all:
input:
get_input
如果需要,可以自定义get_input
函数以包括其他条件。 here对此进行了进一步记录。
执行此操作的另一种替代方法如下:可读性差,不推荐使用,但是在避免使用附加功能的情况下可以使用
rule all:
input:
lambda wildcards: "DEG/DEG.txt" if config["DEG"]["exec"] else [],
lambda wildcards: "DTU/DTU.txt" if config["DTU"]["exec"] else [],
答案 1 :(得分:1)
输入只是文件列表。您可以在规则定义之外定义它们:
deg_files = []
if config["DEG"]["exec"]:
deg_files.append("DEG/DEG.txt")
dtu_files = []
if config["DTU"]["exec"]:
dtu_files.append("DTU/DTU.txt")
rule all:
input:
deg_files,
dtu_files,