带通配符的“全部规则”输入

Question

我为每个用户提供了一个输入文件（名称为db-user.participant）。我想将这些文件作为输入，然后测试脚本必须为每个参与者每个传感器输出一个文件（还有第二个包含传感器的列表）。我的代码可以正常工作，但是我想知道这是否是实现我想要的“ snakemake”方法。

SENSORS=["s1", "s2"]
DBS_USERS={"db1":["p1", "p2"]}

def db_user_path(paths):
    new_paths = []
    for db, users in DBS_USERS.items():
        for user in users:
            for path in paths:
                new_paths.append(path.replace("db", db).replace("user", user))
    return new_paths

print(db_user_path(expand("data/raw/db/user/{sensor}.csv", sensor=SENSORS)))

rule all:
    input:
        db_user_path(expand("data/raw/db/user/{sensor}.csv", sensor=SENSORS))

rule create_dataset:
    input:
        "data/external/{db}-{user}.participant"
    output:
        expand("data/raw/{{db}}/{{user}}/{sensor}.csv", sensor=SENSORS)
    script:
        "src/data/test.R"

例如，如果我有：

db1-p1.participant
db1-p2.participant
sensors = ["s1","s2"]

输出应为：

db1/p1/s1.csv
db1/p1/s2.csv
db1/p2/s1.csv
db1/p2/s2.csv