Question

无法在Ubuntu中完全安装和更新“ Bioconductor基本软件包”。

我正在尝试更新Bioconductor的核心软件包，但出现错误：

使用Bioconductor 3.7（BiocInstaller 1.30.0），R 3.6.1（2019-07-05）。安装路径不可写，无法更新软件包：abind， acepack，askpass，断言，反向移植，base64enc，BH，bitops，扫帚， carData，caTools，cellranger，cli，cliper，colorspace，蜡笔，...

为了更新，我尝试了以下代码：

biocLite()

我也尝试过：

biocLite("BiocUpgrade")

任何选项都不成功。

在访问并审查了Bioconductor [http://bioconductor.org/install/]]的文档后，我希望可以毫无问题地进行更新，并希望收到如下消息：

使用Bioconductor版本所有软件包已更新...

但是我得到了：

使用Bioconductor 3.7（BiocInstaller 1.30.0），R 3.6.1（2019-07-05）。安装路径不可写，无法更新软件包：abind， acepack，askpass，断言，反向移植，base64enc，BH，bitops，扫帚， carData，caTools，cellranger，cli，cliper，colorspace，蜡笔，...

我在做什么错了？

Answer 1

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# install miniconda
####################
# if in linux
# if 64 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# if 32 bit
cd ~/
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
# follow the instructions - whereby install it locally in home.

成功安装后，您的bash现在可以识别所有conda命令。

############################
# create new environment for your R version
############################

conda create --name R361

############################
# enter the create environment by
############################

conda activate R361
# shell begins now always with (R361)...$ 
# to show you in which environment you are

############################
# Install your desired R version
############################

conda install -c bioconda R=3.6.1   

# -c bioconda means: look into bioconda repository for this package
# commonly used other repositories are: -c anaconda
#                                       -c conda-forge

如果您只是这样做：

# conda install r-base # or: conda install -c conda-forge r-base
# or: conda install -c bioconda r-base  or: conda install -c r r-base
# very likely it installs newest R.
# with R=3.6.1 you can control exactly which version should be installed.

我个人首先尝试-c bioconda处理所有与生物信息学有关的东西。因为一般而言，R包装的生化技术非常新。（嗯，我也是生物信息学家；）-所以我对此有经验。

############################
# biocLite() is now old. Install BiocManager 
############################

# Start R
R

# install BiocManager
> install.packages("BiocManager")
> require(BiocManager) # or: libary(BiocManager)

# in BiocManager `install()` is like former `biocLite()` install command
> install("<your bioconductor package>")

某些生物导体包装需要安装其他非R包装。在全球范围内工作时，这些人是sudo apt install r-cran-*个候选人。但是，谷歌搜索“ conda install”，您会发现然后您必须使用哪个conda命令（哪个子仓库）（您必须添加到-c ...的哪个conda install命令中。）

例如对于Bioconda，卷曲是必不可少的。但是，如果您安装了最大的生物导体（bioconda）封装，那么它们的conda封装将包含所有这些必需品-并且您不必关心它们-安装将在几分钟。因此，请尝试安装最大的复杂软件包。如果有针对这些的conda软件包，那么大多数安装将在软件包负责的情况下完成所有依赖项。

# in current env show all installed packages      $ conda list
# from outside any special environment, do:       $ conda list --name R361
# show all environment                            $ conda info --envs
# remove your environment                         $ conda remove -n R361

# all these commands are preactically all you need.

Answer 2

几个月前，我一直遇到这些问题。从字面上看完全相同的错误。通过使用管理员权限打开终端，启动R，然后进行更新，可以解决此问题。为此，只需键入

sudo -i R

根据需要进行更新。有些人讨厌这个，特别是如果您不信任或不知道来源，或者它是一台共享计算机。我觉得这对我的个人计算机来说很好，所以在更新生物导体和相关软件包时，我一直都这样做。我也必须正确安装GVIZ。

祝你好运。

R 3.6.1; Ubuntu，尝试更新Bioconductor软件包并出现错误：....安装路径不可写，无法更新软件包

2 个答案: