mas5规范化错误:无法找到函数的继承方法

时间:2017-09-04 18:46:13

标签: r bioinformatics bioconductor

目标mas5规范化数据。

问题:当我尝试以下R代码时,我得到了这个

error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character

我已经查看了SO,并找到了以下内容:What does this mean: unable to find an inherited method for function ‘A’ for signature ‘"B"’,但我不确定如何解决我的具体问题并正确使用mas5功能。我也看过这个affy manual,但仍然坚持......

installpkg("affy")
library('affy')
setwd("/Users/er/Desktop/DesktopFolders/DataSets/CD8Helios/Microarray/CELfiles/CEL")
cel_Files <- list.celfiles()
affyRaw <- read.celfiles(cel_Files)
eset <- mas5(affyRaw) 

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

如果您确定.cel文件是基于对使用affy包的数组类型执行的实验而创建的,那么您应该使用来自{{ReadAffy的{​​{1}}来尝试此工作流程1}}包。

affy

但是,可能是cel_Files <- list.celfiles() affyRaw <- affy::ReadAffy(filenames=cel_Files) eset <- mas5(affyRaw) 包不是为您的数组类型设计的。然后,您应切换到affyoligo软件包并使用类似函数oligoClasses进行标准化

rma