目标:mas5
规范化数据。
问题:当我尝试以下R代码时,我得到了这个
error: unable to find an inherited method for function bg.correct for signature ExpressionFeatureSet, character
我已经查看了SO,并找到了以下内容:What does this mean: unable to find an inherited method for function ‘A’ for signature ‘"B"’,但我不确定如何解决我的具体问题并正确使用mas5
功能。我也看过这个affy manual,但仍然坚持......
installpkg("affy")
library('affy')
setwd("/Users/er/Desktop/DesktopFolders/DataSets/CD8Helios/Microarray/CELfiles/CEL")
cel_Files <- list.celfiles()
affyRaw <- read.celfiles(cel_Files)
eset <- mas5(affyRaw)
答案 0 :(得分:0)
如果您确定.cel
文件是基于对使用affy
包的数组类型执行的实验而创建的,那么您应该使用来自{{ReadAffy
的{{1}}来尝试此工作流程1}}包。
affy
但是,可能是cel_Files <- list.celfiles()
affyRaw <- affy::ReadAffy(filenames=cel_Files)
eset <- mas5(affyRaw)
包不是为您的数组类型设计的。然后,您应切换到affy
和oligo
软件包并使用类似函数oligoClasses
进行标准化
rma