获取外显子的数量并将其可视化

时间:2017-11-29 12:38:00

标签: r bioconductor

我想问你怎样才能获得外显子的数量?我希望可视化基因长度与基因中外显子的数量。

例如:

我有基因的长度:

exons <- getBM(attributes = c("external_gene_name","start_position","end_position","ensembl_exon_id"),
          filters = "chromosome_name",
          values = "21",
          mart = genes)
exons[5] <- exons$end_position - exons$start_position
names(exons)[5] <- "gene_length"

我试图找出外显子的数量:

as.data.frame(table(exons$ensembl_exon_id))

但现在,我不知道还有什么。拜托,有人会帮助我吗?

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