多条直方图的wasserstein距离

时间:2019-07-16 11:35:42

标签: python distance-matrix earth-movers-distance

我正在尝试计算直方图之间的距离矩阵。我只能找到用于计算2个直方图之间的距离的代码,我的数据超过10个。我的数据是CSV文件,直方图的列总计为100。其中包含大约65,000个条目,我只运行20个%的数据,但是代码仍然不起作用。

我尝试了scipy.spatial.distance_matrix中的 distance_matrix,但它忽略了数据为直方图的面孔,并将其视为普通数值数据。我也尝试了wasserstein距离,但错误是object too deep for desired array

from scipy.stats import wasserstein_distance
distance = wasserstein_distance (df3,df3)

我希望结果会像这样:

0   1              2           3           4             5          6    
0   0.000000    259.730341  331.083554  320.302997  309.577373  249.868085 
1   259.730341  0.000000    208.368304  190.441382  262.030304  186.033572  
2   331.083554  208.368304  0.000000    112.255111  256.269253  227.510879  
3   320.302997  190.441382  112.255111  0.000000    246.350482  205.346804  
4   309.577373  262.030304  256.269253  246.350482  0.000000    239.642379  

但这是一个错误

ValueError: object too deep for desired array

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