如何使用R根据矩阵中的最小距离阈值对元素进行聚类?

时间:2019-07-13 16:17:36

标签: r matrix cluster-computing distance-matrix

我有距离矩阵mdist(187x187个项目)。我需要根据每个项目的最小值进行聚类。我已经算出了这些最小值:

mins = list()
for (i in (1:nrow(mdist))) {
  md = min(mdist[i,-c(i)])
  mins <- rbind.data.frame(mins, list(id=i, dist=md))
}

当我查看最大的总体max(mins$dist)时为4。

现在,我希望将这些项目组合在一起。当我将阈值设置为5时,我希望得到一个群集。

hc <- hclust(as.dist(mdist), method="complete")
x <- cutree(hc, h=5)

但是当我应用length(unique(x))时,它需要103个簇。

我猜我做错了方法还是什么?如何使簇数低于该矩阵的最大值?

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