我有距离矩阵mdist
(187x187个项目)。我需要根据每个项目的最小值进行聚类。我已经算出了这些最小值:
mins = list()
for (i in (1:nrow(mdist))) {
md = min(mdist[i,-c(i)])
mins <- rbind.data.frame(mins, list(id=i, dist=md))
}
当我查看最大的总体max(mins$dist)
时为4。
现在,我希望将这些项目组合在一起。当我将阈值设置为5时,我希望得到一个群集。
hc <- hclust(as.dist(mdist), method="complete")
x <- cutree(hc, h=5)
但是当我应用length(unique(x))
时,它需要103个簇。
我猜我做错了方法还是什么?如何使簇数低于该矩阵的最大值?