https://www.nature.com/articles/s41598-018-35738-0.pdf
为此,我有一个表,该表包含24个col,每个col代表一条染色体,每行一个样本 我有一个25分的分数,我想用它作为渐变色来分配分布。
我尝试应用在这里找到的代码: Plotting column names as x-axis in R
所以我得到了这个情节:
这是我的代码:
my_data <- read.table(my_file, header=TRUE, sep=';')
my_data <- my_data[,2:(ncol(my_data))]
rs <- as.data.frame(t(my_data))
rs$chr <- rownames(rs)
rs <- melt(rs, id.vars=c("chr"))
ggplot(rs, aes(x=as.factor(chr), y=value)) + geom_point()
这是我的部分数据:
样本; 1; 2; 3; 4; ff_seqff s1; -1.4368687908545408; -0.35632901567869174; -0.8630635469138286; 0.08972089597838186; 0.102953198414832 s2; 1.0899445208946068; -0.7895300680366577; -1.2080358536312499; -1.8869137000565392; 0.0318184922525369
如果您对此有任何想法,将不胜感激!