使用geom_vline绘制x轴中的刻度和颜色渐变

Question

示例数据

SNP_BP  LD
13203   1.00
13456   0.74
13646   0.43
...     ....

使用ggplot制作刻度。

到目前为止，我已尝试使用以下命令：

p <- ggplot()+
geom_vline(data=d, mapping=aes(xintercept=SNP_BP))+
scale_x_continuous(limits=c(12345,14533)

现在当我试着说：

  

存在错误（name，envir = env，mode = mode）：缺少参数“env”，没有默认值

另外，我需要在这个图中添加这些刻度的颜色渐变（基于其LD（列）值）。

Answer 1

我认为问题在于ggplot没有关于y轴的信息，因此无法创建绘图。这可以通过使用scale_y_continuous：

明确说明y轴的限制来解决

library(RColorBrewer)
ggplot(d) +
   geom_vline(aes(xintercept=SNP_BP,colour=LD)) +
   scale_x_continuous(limits=c(12345,14533)) +
   scale_y_continuous(limits=c(0,1)) +
   scale_colour_gradientn(colours=brewer.pal(7,"YlOrRd"))

只要您将点或线（或其他内容）添加到绘图中，ggplot将从这些点覆盖的范围中确定y轴范围，并且不再需要scale_y_continuous。

我还通过设置审美colour=LD为线条添加了颜色。添加scale_colour_gradientn(...)是可选的，我只是为了向您展示可能性，如何更改颜色。我使用包RColourBrewer（带brewer.pal()）的颜色，我发现它非常有用。

使用您在帖子中提供的三个数据点，代码将导致以下图表：