python

Question

我不确定这里是否有3D Slicer开发人员可以提供帮助，但我认为值得尝试。我正在开发基于内窥镜模块的扩展。内窥镜模块从一组基准点创建路径模型。我正在使用此路径模型设置垂直于其遵循的路径的平面视图，然后在其中一个视口中显示该视图。

问题在于，有时视场上的平面绕平面法线（或平行于路径）随机旋转，我不确定如何固定，因此方向是静态的。请参阅执行此渲染的算法的附加代码段以及问题的屏幕截图。

def reslice_on_path(self, p0, pN, orientation='normal'):
  fx=np.poly1d(np.polyfit([p0[0],pN[0]],[p0[1],pN[1]], 1))
  fdx = np.polyder(fx)
  normal_line = lambda x: (-1/fdx(p0[0]))*(x-p0[0])+p0[1]
  t=np.array([p0[0]+0.00001,normal_line(p0[0]+0.00001),p0[2]], dtype='f')
  t=t-p0
  n=pN-p0
  t.astype(float)
  n.astype(float)
  p0.astype(float)
  sliceNode = slicer.mrmlScene.GetNodeByID("vtkMRMLSliceNodeGreen")
  if orientation == 'normal': orientation = 0
  elif orientation == 'tangent': orientation = 1
  sliceNode.SetSliceToRASByNTP(n[0], n[1], n[2], t[0], t[1], t[2], p0[0], p0[1], p0[2], orientation)
  sliceNode.Modified()

Answer 1

对于jupyper笔记本，“ plotly”库中有一个Volume Slicer选项。

https://plot.ly/python/visualizing-mri-volume-slices/

Answer 2

最有可能出现的问题是，当曲线切线方向在某些方向范围之间转换时，计算法线方向时会发生翻转。

在最新版本的3D Slicer中，有一个专用的曲线节点（vtkMRMLMarkupsCurveNode），它基于Frenet-Serret框架提供一致，平滑变化的曲线切线和法线方向。您可以使用这些指示进行卷切片。查看详细信息in this post。