在RStudio中，`knit`始终有效，但是`rmarkdown :: render`在第二次运行时会失败（但不是第一次！）

Question

我正在尝试做一些非常简单的事情：生成PDF格式的报告。终于找到了重现我问题的方法。我需要使用rmarkdown::render基于GlobalEnv中的数据创建报告。我正在使用tinytex软件包。这是test.Rmd：

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(kableExtra)
library(tidyverse)
```

## R Markdown

```{r cars}
mtcars %>%
  kable(booktabs = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")
```

作品：

RStudio中的“编织”似乎总是可以在此文件上运行，并按预期生成mtcars数据帧，并用kable()很好地格式化

不起作用（但应该吗？）：

运行rmarkdown::render("test.Rmd")在第一次运行时有效，但第二次则无效。它引发错误：

! LaTeX Error: Unknown float option `H'.

此后，RStudio中的“编织”会生成PDF，但是R / knitr会打印来自rmarkdown::render("test.Rmd")命令的任何警告/错误消息。

其他信息

如果将以上代码块更改为{p> 1，则运行rmarkdown::render("test.Rmd")不会产生错误

```{r cars}
mtcars %>%
  kable()
```

Answer 1

那对我不起作用。我在 xcolor 选项中遇到了冲突。第 3 页中指出的解决方案：https://haozhu233.github.io/kableExtra/awesome_table_in_pdf.pdf

是添加：

options(kableExtra.latex.load_packages = FALSE)

在 YAML 中：

header-includes:
- \usepackage{booktabs}
- \usepackage{longtable}
- \usepackage{array}
- \usepackage{multirow}
- \usepackage{xcolor}
- \usepackage{wrapfig}
- \usepackage{float}
- \usepackage{colortbl}
- \usepackage{pdflscape}
- \usepackage{tabu}
- \usepackage{threeparttable}
- \usepackage{threeparttablex}
- \usepackage[normalem]{ulem}
- \usepackage{makecell}

请注意，您可以删除任何不需要的包。

Answer 2

我选择回答自己的问题，因为我发现了一种变通办法，如果有人发现错误的原因，希望该变通办法是不必要的。

似乎PDF渲染引擎只能识别tinytex的最基本的LaTeX安装。我尝试tinytex::tlmgr_install来手动安装必要的LaTeX软件包，但它们都返回了“软件包已存在”消息。

解决方案

我在Rmd中的YAML中添加了以下内容：

header-includes:
   - \usepackage{booktabs}
   - \usepackage{float}
   - \usepackage{colortbl}
   - \usepackage[table]{xcolor}

我基本上在每一行\usepackage上都添加了一行，直到我没有找到想要的格式错误为止。

有效的Rmd代码

rmarkdown::render()和knit（Rstudio）都可以工作（以及我自己的OWN代码！）：

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
header-includes:
   - \usepackage{booktabs}
   - \usepackage{float}
   - \usepackage{colortbl}
   - \usepackage[table]{xcolor}
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
library(kableExtra)
library(tidyverse)
```

## R Markdown

```{r cars}
mtcars %>%
  kable(booktabs = TRUE) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")
```