如何调整热图的轴？

Question

我正在使用Jaccard系数来识别人与人之间的异同。

但是我一直在努力代表系数（0-不相似，1个相似）。

此外，当我想跳过数据结构时，还会收到以下错误：

dput（head，m）中的错误：“文件”必须是字符串或连接

要创建热图，我正在使用以下代码：

heatmap(m, Colv = NA, Rowv = NA, 
        scale = "none", 
        xlab = "Identification Numbers",
        ylab = "Identification Numbers")

当仅使用部分数据时，我收到以下情况12

如果我增加案例数量，就很难读取热图的轴。

如何调整轴以显示每10个案例？

我还如何向热图添加图例？

非常感谢

Answer 1

不幸的是，没有内置的支持。但是，这里有一个解决轴断裂的方法：为行和列名称创建一个字符向量，并将10个元素中的9个替换为空白。

 mat <- matrix(runif(10000, min = 0, max = 10), ncol = 100, byrow = T)

rows <- as.character(1:nrow(mat))
rows[-seq(0, length(rows), 10)] <- ""

cols <- as.character(1:ncol(mat)) 
cols[-seq(0, length(cols), 10)] <- ""

heatmap(mat,
        Colv = NA, Rowv = NA,
        labRow = rows,
        cexRow = 1,
        labCol = cols,
        cexCol = 1)

如果您愿意使用其他软件包，我建议使用levelplot()-package中的lattice：

（情节毫无意义，只是展示其功能的视觉效果）

library(lattice)
library(RColorBrewer)

rows <- seq(11010903, 11011203, length.out = nrow(mat))
cols <- seq(11010903, 11011203, length.out = ncol(mat))

pal <- colorRampPalette(c("red", "yellow"), space = "rgb")
levelplot(mat, xlab="", ylab="", 
          row.values = rows, column.values = cols,
          col.regions = pal(5), at = seq(1,10, by = 2), scales = list(tck = c(1,0)))