如何在ggplot2中调整geom_tile的比例?

时间:2015-06-30 16:15:46

标签: r ggplot2 scale heatmap

我正在尝试调整geom_tile图的色阶。

我的数据的简短版本(data.frame格式)是:

mydat <-

Sc  K   n   minC
A   2   1   NA
A   2   2   37.453023
A   2   3   23.768316
A   2   4   17.628376
A   3   1   NA
A   3   2   12.693124
A   3   3   8.884226
A   3   4   7.436250
A   10  1   2.128121
A   10  2   2.116539
A   10  3   2.737923
A   10  4   3.509773
A   20  1   1.104592
A   20  2   1.840195
A   20  3   2.717198
A   20  4   3.616501
B   2   1   NA
B   2   2   25.090085
B   2   3   15.924186
B   2   4   11.811022
B   3   1   NA
B   3   2   8.827183
B   3   3   6.179484
B   3   4   5.175331
B   10  1   2.096934
B   10  2   2.064984
B   10  3   2.662373
B   10  4   3.407246
B   20  1   1.096871
B   20  2   1.802418
B   20  3   2.649153
B   20  4   3.517776

我准备绘制数据的代码如下:

mydat$Sc <- factor(mydat$Sc, levels =c("A", "B"))
mydat$K <- factor(mydat$K, levels =c("2", "3","10","20"))
mydat.m <- melt(pmydat,id.vars=c("Sc","K","n"), measure.vars=c("minC"))

我希望geom_tile的{​​{1}}值minCK作为轴,n的不同方面如下:

Sc

这给出了每个mydat.m.p <- ggplot(mydat.m, aes(x=n, y=K)) mydat.m.p + geom_tile(data=mydat.m, aes(fill=value)) + scale_fill_gradient(low="palegreen", high="lightcoral") + facet_wrap(~ Sc, ncol=2) 因子的图。但是,色标并不能反映我想要描绘的内容,因为一些高值使低值全部相等。

我希望在4个休息时间内调整到相关比例,即1-2,2-3,3-5,> 5。

在查看其他问题时,建议使用Sc功能和比例填写手册:

cut

然后在mydat.m$value1 <- cut(mydat.m$value, breaks = c(1:5, Inf), right = FALSE) 中使用以下内容:

geom_tile

但是,我不确定如何将scale_fill_manual(breaks = c("\[1,2)", "\[2, 3)", "\[3, 5)", "\[5, Inf)"), values = c("darkgreen", "palegreen", "lightcoral", "red")) 应用于其他因素和长格式。

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

你几乎就在那里。只需在融化前使用cut

mydat$minC.cut <- cut(mydat$minC, breaks = c(1:3, 5, Inf), right = FALSE)
mydat.cut <- melt(mydat, id.vars=c("Sc", "K", "n"), measure.vars=c("minC.cut"))

现在,您不需要指定breaks,因为我们已经处理过了。{/ p>

ggplot(mydat.cut, aes(x=n, y=K)) + 
  geom_tile(aes(fill=value)) +
  facet_wrap(~ Sc, ncol=2) +
  scale_fill_manual(values = c("darkgreen", "palegreen", "lightcoral", "red"))

enter image description here