如何在热图上保存x和y轴的元素？

Question

我使用像这样的glpots生成了堆映射。

head(TEST)
#             GO.0000041  GO.0001505 ...
#GO:0002479      0.053      0.061  ...
...

heatmap.2(TEST, trace="none", density.info="none", col=colfunc(15))

我想要做的是将x和y标签的元素作为聚类在热图上，将其另存为文本文件。也就是说，GO：0042164 .....非常感谢你的帮助！

Answer 1

首先，当您发布涉及绘图的问题时，如果您提供minimal, reproducible example，则非常有用。否则，很难给出具体的编码建议，或者只是让回答你问题的人做了不必要的工作。我会尝试通过?heatmap.2帮助页面

中的示例来节省时间

data(mtcars)
x  <- as.matrix(mtcars)
library(gplots)
xx <- heatmap.2(x)

这里我们确保将绘图命令的结果保存到变量中。这将存储行和列的树形图。您可以使用

获取标签

head(finalrownames<-labels(xx$rowDendrogram))
# [1] "Maserati Bora"       "Chrysler Imperial"   "Lincoln Continental"
# [4] "Cadillac Fleetwood"  "Hornet Sportabout"   "Pontiac Firebird"   

head(finalcolnames<-labels(xx$colDendrogram))
# [1] "cyl"  "am"   "vs"   "carb" "wt"   "drat"

这里我只使用head()来保持输出的最小长度。