AFT对数正态模型预测生存的置信区间

时间:2019-06-08 15:10:41

标签: confidence-interval standard-error

我正在尝试通过delta方法获得对数正态AFT模型的预测的置信区间(12个月生存概率)。我已将其应用于协变量的特定配置文件。但是,间隔非常窄,尤其是随着时间的流逝。我想知道我做错了什么。有人能帮忙吗?其次,如何进行中位生存?

这是我一直在尝试执行的代码。

我的示例代码

library(rms)
ddist <- datadist(data)
options(datadist='ddist')
fit <- psm(Surv(days_pfs, pd2) ~ rcs(x1,3)+rcs(x2,3)+x3+x4+x5+x6+ x7+x8+x9, 
           dist="lognormal", x=T , y=T , data=data) 
newdata <- expand.grid(x1=7, x2=3, x3=3,  x4=2, x5=1 ,x6=0, x7=1, x8=2,x9=1) 
xb<-predict(fit,newdata) 
survival12 <- 1-pnorm((log(12)-xb)/fit$scale) 
pdf <- (dnorm((log(12)-xb)/fit$scale))/(12* fit$scale) 

# 18 elements to codify restricted cubic splines & categorical variable
x <- c(1,7,7, 3,3,  0,1,0, 1,0,0,   1,0, 0, 0, 1,0   ,1) 
se <- pdf %*% t(x)%*%vcov(fit) %*% x %*% pdf %>% sqrt 

ll <- (1-s12)-1.96*se

ul <- (1-s12)+1.96*se

ic <- c(ul,1-s12,ll)

1-ic

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