Question

我正在尝试使用R中的spaMM软件包和fitme（）函数运行线性混合模型，但是当我添加第三个随机效果时，predict（）函数无法完成。

我希望meanfit1模型具有一种固定的效果：

elev

和三种随机效果：

Matern(1|long+lat)
1|river_ID
1|source_ID

但是，预测函数似乎不允许三个随机效应。

Data <- data.frame(source_ID = c("A","B","C","D","E"),
               lat = c(51.63,51.69,51.72,51.69,51.72),
               long = c(1.56,1.51,1.37,1.43,1.60),
               river_ID = c("b","a","b","b","t"),
               elev = c(63,54,32,45,48),
               mean = c(28,28,31,31,27),
               n = rep(5,5),
               var = c(0.1,0.4,0.5,1.5,0.8))

dispfit1 <- fitme(
  formula = var ~ 1 + Matern(1|long + lat) + (1|river_ID) + 
  (1|source_ID),
  family = stats::Gamma(log), data = Data, fixed = list(phi = 2),
  prior.weights = n - 1, control.dist = list(dist.method = 
  "Earth"),
  method = "REML")

Data$disp <- spaMM::predict.HLfit(dispfit1, newdata = Data, variances = 
                              list(respVar = T))

meanfit1 <- fitme(
  formula = mean ~ 1 + elev + Matern(1|long + lat) + (1|river_ID) + 
  (1|source_ID),
  data = Data, resid.model = list(formula = ~0 + offset(disp), family = 
  stats::Gamma(identity)),
  prior.weights = n, control.dist = list(dist.method = "Earth"),
  method = "REML")

如果我删除（1 | source_ID）或（1 | river_ID），则代码运行良好，但是当包括所有三个随机效果时，会给出以下错误消息：''+'（c（0，0， 0，0，0，0，0.00508460138716231，0，0，0，0，0，0，：运算符需要一个或两个参数”

这是编码问题还是建模问题？

非常感谢您的帮助

Answer 1

对于OP中的问题，

这是编码问题还是建模问题？

答案是这是spaMM源代码中的错误；海报的代码是正确的。 spaMM应该能够评估涉及两个以上随机效应的模型的预测方差。此package的版本3.0.0已纠正了该错误。

当线性混合模型中添加了第三个随机效应时，预测spaMM包中的函数会导致错误

1 个答案: