Question

我有一个距离矩阵，我想在对数据进行聚类时使用该距离矩阵。

我已经阅读了ELKI文档，并指出扩展distance类时可以覆盖AbstractNumberVectorDistanceFunction方法。

distance类返回坐标。因此，从坐标x到坐标y。这很麻烦，因为距离矩阵仅用距离值填充，并且我们使用索引来查找从index x到index y的距离值。这是文档中的代码：

public class TutorialDistanceFunction extends AbstractNumberVectorDistanceFunction {
  @Override
  public double distance(NumberVector o1, NumberVector o2) {
    double dx = o1.doubleValue(0) - o2.doubleValue(0);
    double dy = o1.doubleValue(1) - o2.doubleValue(1);
    return dx * dx + Math.abs(dy);
  }
}

我的问题是在与ELKI聚类时如何正确使用距离矩阵。

Answer 1

如果输入数据是数字矢量，则

AbstractNumberVectorDistanceFunction是相应的父类，仅。如果您的数据类型是抽象对象标识符，请改为子类AbstractDBIDRangeDistanceFunction。然后，您必须实现

double distance(int i1, int i2);

已经存在用于预先计算的距离的距离函数的不同实现，例如DiskCacheBasedDoubleDistanceFunction，用于内存映射存储在磁盘上的距离矩阵。不过，我们应该添加一个DoubleMatrixDistanceFunction，以便直接从Java使用（在下一版本中，所有类名和包名都会缩短，顺便说一句）。

另请参阅：https://elki-project.github.io/howto/precomputed_distances 尤其是标题为“不使用原始数据使用”的部分，关于当您仅使用距离矩阵时如何建立不包含原始数据的数据库。

如何使用带有ELKI库的距离矩阵对数据进行聚类？

1 个答案: