Question

我是R newby，如果这个问题对你们来说太琐碎了，我会提前道歉，但是我无所不能。

在尝试学习R的过程中，我发现自己面临着创建重复循环以对一个变量执行曼惠特尼U测试组1和组2的多个变量的问题。下面是一个示例。（https://i.redd.it/2c0429k4y3y21.png）

即使我可以对一个变量一个变量（从A到Z）执行测试，但在我测试的实际数据中，我仍然有10000多个变量，因此我必须找到一种方法来实现以下目的：1）自动进行测试； 2）生成包含所有结果p值的文件。

有人会乐于助我完成任务吗？我非常愿意花更多的时间来学习如何在R中进行编码，但是对此我需要稍作调整。

谢谢

Answer 1

由于您提供的数据只有一个因子水平，因此我添加了三个“ Wildtypes”以使代码正常工作。

gen <- structure(list(genotype=structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L),
    .Label=c("Mutant", "Wildtype"), class="factor"), X312=c(0, 0, 9.927911044,
    7.604660497, 0, 8.469434699), X1.Sep=c(9.296165425, 7.994991396, 10.3226941,
    10.59396298, 10.2554214, 7.963356173), X2.Sep=c(12.0207487, 10.92364072,
    11.22504751, 11.2077482, 11.91886469, 11.64801165), X1.Dec=c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
    0L), X128up=c(8.051389852, 8.437100325, 2.9382856, 9.05631996, 0, 8.993819702),
    X140up=c(7.859521468, 7.638131579, 0, 8.567090791, 8.7672994, 10.219634)),
    row.names=c(NA, 6L), class="data.frame")


gen[1:3, 1] <- factor(rep(2, 3), label="Wildtype")

因为我们可以像这样对一栏进行曼惠特尼U检验：

# for column 6
wilcox.test(gen[gen$genotype == "Mutant", 6], 
            gen[gen$genotype == "Wildtype", 6], exact=FALSE)$p.val

我们可以使用sapply()简单地循环遍历列索引（不包括第一个），从而对所有列执行该操作，就像这样：

sapply(2:ncol(gen), 
  function(x) {
      wilcox.test(gen[gen$genotype == "Mutant", x], 
                  gen[gen$genotype == "Wildtype", x], exact=FALSE)$p.val
  }
)
# [1] 1.00000 1.00000 1.00000     NaN 0.66252 0.08085

自动化Mann Whitney U测试以处理庞大的数据集

1 个答案: