如何从Deepchem的ConvMol对象获取MOL对象

Question

关于python库deepchem，如何从deepchem的ConvMol对象获取mol对象或微笑。

示例

import numpy as np
import tensorflow as tf
import deepchem as dc
from deepchem.models.tensorgraph.models.graph_models import GraphConvModel

tox21_tasks, tox21_datasets, transformers = dc.molnet.load_tox21(featurizer='GraphConv')
train_dataset, valid_dataset, test_dataset = tox21_datasets

print(train_dataset.X)
>>> <deepchem.feat.mol_graphs.ConvMol object at 0x7...>

我想获取每个数据的MOL对象或SMILES。

Answer 1

ConvMol对象是DeepChem的图卷积使用的自定义特征，因此无法从中获取SMILES字符串。但是，根据您的示例，您有一个train_dataset，一个Deepchem Dataset对象。您可以将SMILES集恢复为train_dataset.ids。这些对象的顺序与ConvMol中的train_dataset.X对象的顺序相同。