RDKit如何从指纹变为Mol或Smiles

Question

我从Smiles文件中聚集了许多分子。我读它们，将它们转换为mols然后将它们转换为摩根指纹，我用它来计算相似性然后聚类。

但是我想将聚类结果输出到文件中。理想情况下，这是以Smiles格式完成的，然后可以再次读取以进行评估。

请问这怎么办？

Answer 1

我找到的唯一方法是将列表微笑，将它们转换为Mols然后转换为指纹。因此，指纹和分子列表具有相同的大小和顺序

指纹[0] == Mols [0]

就它们所代表的分子而言。聚类指纹返回列表中指纹的索引，因此索引可用于从Mol列表中检索分子。

我认为这不是最干净的解决方案，但有效。