Question

我有一个以SMILES字符串表示的分子数据集。我试图将其表示为图形。有办法吗？例如，假设我有字符串CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，是否存在将其转换为图形表示（即邻接矩阵和原子向量）的一般方法？我看到了一些针对SMILES from graphs的问题，并且我知道rdkit有MolFromSmiles，但是我找不到从SMILES字符串中获取图形的内容。

Answer 1

您可以尝试pysmiles。从SMILES描述开始，您应该能够创建NetworkX图并使用代码沿着

行生成所需的对象。

from pysmiles import read_smiles
import networkx as nx

smiles = 'C1CC[13CH2]CC1C1CCCCC1'
mol = read_smiles(smiles)

# atom vector (C only)
print(mol.nodes(data='element'))
# adjacency matrix
print(nx.to_numpy_matrix(mol))

Answer 2

要完成Davide的答案，可以使用以下命令将债券订单包括在邻接矩阵中：

nx.to_numpy_matrix(mol, weight='order')

或根据networkx documentation使用

nx.adjacency_matrix(mol, weight='order').todense()

Answer 3

networkx是一个很好的解决方案。如果您正在寻找更自定义的内容，则可以自己创建图形。请参阅此示例：SMILES from graph

来自SMILES的图表

3 个答案: