Question

在shell中：

balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300 "[H]OC(=O)C([H])([H])[C@@]1([H])C2=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])OC3=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C(C([H])=C3[H])C3=NC(OC([H])([H])C([H])([H])[H])=C(S3)C([H])([H])[H])C([H])=C2C([H])([H])C1([H])[H]" AAA.pdb

效果很好。但是，当我尝试使用ipython时，出现错误，我的代码如下：

import os
str3="[H]OC(=O)C([H])([H])[C@@]1([H])C2=C([H])C([H])=C(OC([H])([H])C([H]([H])C([H([H])OC3=C(OC([H])([H])[H])C([H])=C(C([H])=C3[H])C3=NC(OC([H])([H])C([H])([H][H])=C(S3)C([H])([H])[H])C([H])=C2C([H])([H])C1([H])[H]"

str4="balloon/balloon -f balloon/MMFF94.mff --nconfs 1 --nGenerations 300  str3 AAC.pdb"

#os.system('balloon_options')
os.system(str4)

错误是：

无法解析输入str3 SMILES解析器说：s后的语法错误跳过。

问题出了什么问题？

顺便说一句，气球是可以将SMILES STRING变成mol2或pdb格式的软件。（SMILES STRING就像[H] OC（= O）C（[H]）（[H]）[C @@ ] 1（[H]）C 2 = C（[H]）C（[H]）= C（OC（[H]）（[H]）C（HC（[H（[H]）OC3 = C（ OC（[H]）（[H]）[H]）C（[H]）= C（C（[H]）= C3 [H]）C3 = NC（OC（[H]）（[H] ）C（[H]）（[H] [H]）= C（S3）C（[H]）（[H]）[H]）C（[H]）= C2C（[H]）（[ H]）C1（[H]）[H]）

Answer 1

您希望将字符串str3的内容作为参数提供给balloon/balloon，而是将字符串"str3"作为参数，并将字符串{{1无效的SMILES。

尝试使用此行：

"str3"

ipython：SMILES解析错误

1 个答案: