Question

我生成了一个微笑字符串列表，并将其定义为“结果”

我想使用RDKit将列表中的每个SMILES字符串转换为单独的mol文件。我当前的代码是这样：

m = Chem.MolFromSmiles('result')
print(Chem.MolToMolBlock(m))

此脚本不起作用并返回：

ArgumentError：中的Python参数类型 rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock（NoneType）与C ++签名不匹配： MolToMolBlock（RDKit :: ROMol mol，bool includeStereo = True，int confId = -1，bool kekulize = True，bool forceV3000 = False）

我该如何解决这个问题？

谢谢！

Answer 1

您已将字符串“结果”转换为RDKit mol对象。而且这不能转换为Molblock。变量名称不是字符串，因此请勿在引号中使用它们。

首先，您必须将SMILES逐一转换为mol对象。

from rdkit import Chem
result = ['C', 'CC', 'CCC']
mo = [Chem.MolFromSmiles(r) for r in result]

然后您可以一张一张地打印Molblocks。

for m in mo:
    print(Chem.MolToMolBlock(m))

这将为您提供：

     RDKit          2D

  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
M  END


     RDKit          2D

  2  1  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2990    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
M  END


     RDKit          2D

  3  2  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2990    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.5981   -0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
M  END

使用RDKit将微笑字符串['x'，'y'，'z']的列表转换为mol文件或MDL mol块

1 个答案: